Por Teresa 
En el 2002, con la llegada de Óscar Washington Tabárez, empezó a volver a la titularidad jugando como volante lateral y compartiendo la mitad de la cancha con Mauricio Serna. En una temporada ya casi terminada en la cual el equipo estaba sumido en la mediocridad y prácticamente esperando un milagro para ingresar a Champions League el año siguiente, el 16 de mayo Alexis marca nuevamente la diferencia frente al Sunderland anotando en dos ocasiones y en el segundo con fuertes dolores de tobillo que lo hacen salir de la cancha luego de anotar el segundo gol. El 25 de mayo de 1993, el equipo azulgrana lució una camiseta con el lema «Drogas no» durante un partido que enfrentó al F.C. Debutó en Boca con el número 34 durante el Clausura 1998. Para el torneo siguiente, Carlos Bianchi le dio la 22 que usó hasta el Clausura 2001. En la Copa Libertadores 2001 al no estar inscrito en la primera parte ya que venía de una lesión, ingresó en la lista por José María Calvo que tenía el número 24. La 22 en esa Copa la usó Gustavo Pinto. Su debut en categoría nacional, concretamente en la Tercera División, se produjo en la temporada 1958-59. Tres campañas en Tercera fueron seguidas por cuatro años en Regional y nuevamente en Tercera durante cinco temporadas más.
El 17 de marzo de 2018, Battaglia asumió el cargo como nuevo entrenador de Almagro, en la Primera B Nacional, tras la renuncia del entrenador Alfredo Grelak. En el torneo Apertura vuelve Alfio Basile como entrenador. Aun así, el equipo consiguió clasificarse para las Semifinales, teniendo al Celta de Vigo como rival. Precisamente en este torneo su equipo se consagraría campeón, por lo que Battaglia se convirtió en el jugador que más títulos ganó en Boca con 17, uno más que otro ídolo de Boca Juniors, Guillermo Barros Schelotto. En su primera etapa en Boca jugó un total de 149 partidos y convirtió 11 goles, consiguiendo 9 títulos. Desde enero de 2020 hasta agosto de 2021 fue entrenador de la reserva de Boca Juniors. Tras una larga recuperación, volvió a jugar el 11 de diciembre de 2011 en la última fecha del Torneo Apertura 2011, frente a All Boys, partido en el que Boca Juniors ganaría 1 a 0 en La Bombonera. En Villarreal al llegar a mitad de la temporada 2003-2004 le dieron la número 21. Y esa usó hasta su vuelta a Boca.
Dadas sus buenas actuaciones en Boca, el Villarreal CF de España compró su pase por 2.5 millones de dólares y lo cedió para jugar la final Intercontinental contra AC Milan. En la Copa Intercontinental jugó los 120 minutos de ese encuentro frente al Milan de Italia, que finalizó 1-1 y forzó una definición por penales. En junio de 2023, luego de la eliminación en la Copa Sudamericana, presentó su renuncia al cargo luego de dirigir tan solo 10 encuentros. El 26 de junio de 2023, fue oficializado como nuevo entrenador de Unión. El 8 de diciembre de ese mismo año ganó la Copa Argentina 2019-20, este fue su primer título como entrenador de Boca. El entrenador de ese entonces fue el yugoslavo Simo Vilic y el presidente de la institución huaralina Enrique Miyashiro. Fue nombrado vicepresidente deportivo y, tras la dimisión del presidente el 5 de abril de 2013, realizó la función de presidente del club hasta el nombramiento de Vicente Andreu. En dicho acto concurrió la familia de Sebastián, el jefe de Gobierno local, Mauricio Macri, y el exdirector técnico del club xeneize Carlos Bianchi.
En la Recopa Sudamericana fue importante al meterle 1 gol a Once Caldas de Colombia para la victoria 3-1. En la vuelta perdió 2-1 pero igual consiguió su primer título en la vuelta al club. En la segunda parte del año ganó la Recopa Sudamericana frente a Arsenal de Sarandí convirtiendo un gol en la primera final, colaborando con la victoria del equipo por 3-1. En el Torneo Apertura disputó su mejor torneo en su carrera, siendo el sostén del equipo en los peores momentos, demostrando garra, quite y temperamento en la mitad de la cancha, jugando 20 partidos (18 del torneo y los 2 partidos del triangular final) y convirtiendo 2 goles. En el Torneo Apertura y tras la venta de Mauricio Serna al fútbol mexicano, Sebastián se quedó con la casaca 5, jugó 17 partidos y convirtió 2 goles. En Villarreal jugó en total 43 partidos (29 en liga, 2 por Copa del Rey, 11 en Copa UEFA y 1 en Copa Intertoto) y consiguió ganar la Copa Intertoto de la UEFA. En la Copa Libertadores jugó 12 partidos y convirtió 2 goles. 2) No incluye goles en partidos amistosos.